Триметоприм применяют для лечения различных заболеваний у животных, таких как инфекции мочеполовой системы, органов дыхания, желудочно-кишечного тракта и других. Однако, его нельзя использовать у животных с повышенной чувствительностью к препарату, а также при тяжелых заболеваниях печени, почек и органов кроветворения. Также запрещено применение у жвачных животных и в период беременности и лактации. Нельзя использовать триметоприм у ремонтного молодняка кур менее чем за 2 недели до начала яйцекладки и у кур-несушек, яйца которых предназначены в пищу людям, из-за накопления препарата в яйцах.